La aplicación del sistema de APPCC se fundamenta en la identificación de los riesgos sanitarios de todo tipo, biológico, físico o químico que potencialmente afecta a los alimentos y la determinación de los puntos críticos de control (PCC), de todo el proceso de fabricación.
Identificados los riesgos, se implantarán medidas para eliminar o minimizar los riesgos. El sistema, está sometido a distintos puntos de control y verificación habiendo establecido límites críticos es cada uno de los procesos.